L' examen intergénique des espaceurs ribosomaux RNA (ARNr) (RISA) est une action d'examen de la communauté microbienne qui permet de comparer différents environnements ou impacts du traitement sans le biais imposé par les approches dépendant de la culture. Ce type d'examen est souvent appelé empreinte digitale communautaire. RISA implique PCR l' amplification d'une région de l'opéron du gène ARNr entre les petites (16S) et les grandes sous-unités (23S) appelée la région d'espacement intergénique ISR.
En utilisant des amorces oligonucléotidiques ciblées sur des régions conservées dans les gènes 16S et 23S, des fragments RISA peuvent être générés à partir de la plupart des bactéries dominantes dans un échantillon environnemental. D'autre part, la majorité de l'opéron ARNr sert un service structurel, des parties de la région intergénique 16S-23S peuvent coder des ARNt en fonction de l'espèce bactérienne. Cependant, la valeur taxinomique de l'ISR réside dans l'hétérogénéité significative de la longueur et de la concaténation des nucléotides. Dans RISA, nous essayons d'exploiter l'hétérogénéité de longueur de l'ISR, qui s'est avérée être comprise entre 150 et 1500 pb, la majorité des longueurs d'ISR étant comprise entre 150 et 500 pb.
Image 250A | northern blot Inverse générale northern blot en utilisant l'ADNc d'un échantillon de testeur et une bibliothèque SSH. La surexpression des transcriptions dans l'échantillon du testeur apparaîtra sous forme de points plus foncés sur la membrane | Cddouglas2 / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Revnorthern1.jpg) from Wikimedia Commons
Auteur : Yavor Mendel
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