Le point principal est de collecter une quantité de biomasse microbienne suffisante pour effectuer le séquençage et minimiser la contamination de l'échantillon; pour cette raison, des techniques d'enrichissement peuvent être utilisées. En particulier, l' opération d'extraction DNA doit être bonne pour chaque souche bactérienne, pour ne pas avoir les génomes de celles qui sont faciles à lyser. La lyse mécanique est généralement préférée à la place de la lyse chimique, et le battage des billes peut entraîner une perte de DNA lors de la préparation de la bibliothèque.
Préparation de la bibliothèque et séquençage
Les plates-formes les plus utilisées sont Illumina, Ion Torrent, Oxford Nanopore MinION et Pacific Bioscience Sequel, bien que la plate-forme Illumina soit considérée comme l'option la plus attrayante pour la raison que sa grande disponibilité, son rendement élevé et sa précision. Il n'y a aucune indication sur la quantité correcte d'échantillon à utiliser.
Image 331A | Organigramme illustrant comment le microbiome humain est étudié au niveau DNA. | Axtian / Attribution-Share Alike 3.0 Unported | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Microbiome_analysis_flowchart.png) de Wikimedia Commons
Auteur : Rogers Nilstrem
Références:
Microbiologie médicale I: agents pathogènes et microbiome humain
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