Méthodes de préparation des modèles pour NGS

Deux méthodes sont utilisées pour préparer des modèles pour les réactions NGS : des modèles amplifiés provenant de molécules DNA uniques et des modèles de molécules simples DNA. Pour les systèmes d'imagerie qui ne peuvent pas rencontrer d'événements de fluorescence uniques, l'amplification des modèles DNA est nécessaire. Les trois méthodes d'amplification les plus courantes sont l'émulsion PCR (emPCR), le cercle roulant et l'amplification en phase solide. La distribution finale des modèles peut être spatialement aléatoire ou sur une grille.

PCR en émulsion

Dans les méthodes d' émulsion PCR, une bibliothèque DNA est d'abord générée par fragmentation aléatoire de DNA génomique. Simple brin DNA fragments (gabarits) sont fixés à la surface de billes avec des adaptateurs ou segments de liaison, et un bourrelet est fixé à un seul DNA fragment de la DNA bibliothèque. La surface des billes contient des sondes oligonucléotidiques avec des séquences complémentaires des adaptateurs liant les fragments DNA. Les billes sont ensuite compartimentées en gouttelettes d'émulsion eau-huile. Dans l'émulsion aqueuse eau-huile, chacune des gouttelettes capturant une bille est un PCR microréacteur qui produit des copies amplifiées du modèle unique DNA .

Image 155A | La technologie PacBio SMRT et Oxford Nanopore peuvent utiliser du DNA non modifié pour rencontrer la méthylation. | Nivretta Thatra / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:3rd_gen_Epigenetics.png) de Wikimedia Commons

Auteur : Yavor Mendel

Références:

Techniques de biologie moléculaire I

Outils de biologie moléculaire III